Томский мушкетерский полк был сформирована по указу императора Павла I 29 ноября 1796 года в составе двух батальонов по шесть рот в каждом, общей численностью около 2370 человек. Дислоцировался в Колывани Томской губернии, пополнялся рекрутами Томского уезда. В 1811 году император Александр I повелел все мушкетерские полки в русской армии переименовать в пехотные.

В войне с французами 1812 года Томский пехотный полк участвовал с первых дней. Боевое крещение принял в Смоленском сражении, находясь в составе арьергарда, оставленном, чтобы задержать французские войска и дать возможность русской армии отойти.

В Бородинском сражении полк защищал батарею Раевского (Курганную высоту), расположенную в центре русской позиции. Батарея стала одним из центров кровавого противоборства русской и французской армий. Томичи (или томцы, как их тогда называли) сражались яростно и отважно. Трижды французы атаковали высоту, первая атака началась в 9-м часу утра, последняя завершилась в 4-м часу дня. В сражении Томский полк лишился половины солдат и офицеров. За мужество и доблесть, проявленные в бою, командир полка подполковник Попов был удостоен ордена Святой Анны II степени, капитаны Иван Кашкаров и Иван Левашев были награждены шпагами с надписью «За храбрость». Награды получили и другие воины Томского полка.

При изгнании французов из России полк отличился в сражениях у города Малоярославец (12 октября) и под селом Красным (5-6 ноября). Участвовал в заграничном походе русской армии.

Во время Крымской войны (1853-1856) Томский полк был направлен на усиление Севастопольского гарнизона, участвовал в кровопролитном Инкерманском сражении. При обороне Севастополя Томский полк сражался на 3-м, 4-м и 5-м бастионах. За отличия и храбрость, оказанные полком во время Крымской войны, Томскому полку были пожалованы Георгиевские знамёна с надписью «За Севастополь в 1854 и 1855 годах».

Томский пехотный полк отметился в истории города еще и тем, что дал название Лагерному саду, именно там в XIX в. находился его летний лагерь.